Berdasarkan Permenkes Nomor 10 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Kekarantinaan Kesehatan mulai tanggal 01 Januari 2024 Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Ternate berubah menjadi Balai Kekarantinaan Kesehatan Kelas I Ternate.